Seit der Auffindung des Grabes des Apostels Matthias zu Anfang des 12. Jahrhunderts, durch eine Heiltumsfahrt im 7-Jahre-Rhythmus nach St. Maximin und zu anderen Heiltümern der Stadt hatte sich der Reliquienkult in Trier ständig gesteigert. Mit der „Auffindung“ des Heiligen Rocks im Jahre 1512 fand er seinen Höhepunkt. Die neue Reliquien-Verehrung lag fast gleichzeitig dem Beginn des Reformationszeitalters.
Die Umbrüche der Reformationszeit erlebte Trier vor allem bei der vergeblichen Belagerung durch Franz von Sickingen (1522), beim Brandzug des Albrecht Alkibiades von Brandenburg (1552) und bei einem Versuch von Trierer Bürgern zur Durchsetzung ihrer neuen Konfession im Jahre 1559. Ein Großteil des Westerwald- und Taunusraumes sowie der Diözesananteil am Herzogtum Pfalz-Zweibrücken und der Grafschaft Nassau-Saarbrücken wurden aus der Diözese herausgebrochen; das Bistum selbst und die Diözesanteile von Frankreich, des Herzogtums Lothringen und der habsburgischen Niederlande (ehemals Grafschaft Luxemburg, dann Burgund) blieben katholisch. Für sein Bistum konnte der Kurfürst und Erzbischof Jakob III. von Eltz 1574 mit päpstlicher Erlaubnis das Gebiet der Abtei Prüm gewinnen.
Mit der Ansiedlung von Jesuiten in Trier (1560) und Koblenz (1580) vollzog sich nicht nur eine Neuformung der Frömmigkeit, sondern durch die Übernahme der Universität auch eine Hebung des Bildungswesens. Umso deutlicher hebt sich die „Trierer Krankheit“, die Hexenverfolgungen, ab. In einer ersten Welle nach 1490, vor allem aber von 1590 bis weit ins 17. Jahrhundert hinein geben diese Hexenverfolgungen in ihrer typischen Form (Verfolgung auch von Männern) von der geistigen Unruhe Zeugnis, die seit der Waldenserzeit des 13. Jahrhunderts die Menschen befallen hatte.
Im Dreißigjährigen Krieg versuchte Kurfürst und Erzbischof Philipp Christoph von Sötern (1623-1652), durch eine Neutralitätserklärung und später durch Französischen Schutz sein Bistum vor der Besetzung durch die Spanier und vor der Verheerung durch die Schweden zu bewahren. Diese Politik misslang und führte schließlich zur Demütigung des Bischofs in spanischer und kaiserlicher Haft. Beim Friedensschluss 1648 rettete sie Politik aber trotzdem den Bestand der Kirchenprovinz: Obwohl Metz, Toul und Verdun seit 1552 zu Frankreich gehörten, erlaubte Frankreich ihre weitere kirchliche Zuordnung zu Trier.
Während der verschiedenen französischen militärischen Aktionen (Pfälzischer Erbfolgekrieg, Reunionskrieg, Spanischer Erbfolgekrieg) wurde Trier zwischen 1680 und 1714 mehrfach demoliert und für längere Zeit besetzt. Deswegen wählten sich die Kurfürsten und Erzbischöfe immer stärker Burg und Tal Koblenz-Ehrenbreitstein als Residenz. In Trier, wo das Domkapitel auch weiterhin residierte, ließen sie sich durch einen Statthalter aus dessen Reihen vertreten. Zu den bisherigen geistlichen Zentren kamen die Klöster der neuen Bettelorden (Karmeliter, Kapuziner), zudem geistliche Schriftsteller wie der Prämonstratenser P. Leonard Goffiné (1649-1719) und der Kapuziner P. Martin von Cochem (1634-1712).
Die Kurfürsten und Erzbischöfe der Neuzeit wurden vom Domkapitel zunächst aus den eigenen Reihen, d.h. aus einer der rheinischen adligen Familien (von Greiffenklau zu Vollraths, Metzenhausen, Hagen, Isenburg, Leyen, Eltz, Schönenberg, Metternich, Sötern, Orsbeck, Schönborn, Walderdorf), vorübergehend angesichts der politischen Lage aber auch aus Fürstenfamilien (Lothringen, Pfalz-Neuburg, Sachsen) gewählt. Sie waren durchweg integre, pflichtorientierte und geistliche Gestalten. Ihr Repräsentationsbedürfnis blieb den Möglichkeiten ihres Bistums angepasst (Palais in Trier; Residenzen in Wittlich, Kärlich, Ehrenbreitstein). Lediglich Clemens Wenzeslaus von Sachsen (* 1739, 1768-1801, + 1812) überzog mit dem Bau des Koblenzer Schlosses.
In den Auseinandersetzungen mit dem Staatskirchentum Frankreichs und Österreichs auf Diözesanboden entwickelte sich eine speziell trierische Form des bischöflichen Selbstbewusstseins (Episkopalismus). Dieser bekam im Werk des Trierer Weihbischofs Johann Nikolaus von Hontheim („Justinus Febronius“) seinen eigenen Ausdruck, führte aber auch zu einer romkritischen Zusammenarbeit mit den übrigen geistlichen Kurfürsten (Koblenzer Beschlüsse 1769, Emser Punktation 1785).
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